Štěpán Blahynka wurde am 31. Mai 1894 im Dorf Skalka (Bezirk Kyjov, heute Tschechische Republik) geboren. Während des Ersten Weltkrieges diente er als Frontsoldat; danach trat er in die österreichisch-ungarische Gendarmerie ein und arbeitete in der Gendarmeriestation in der Stadt Lišov (Bezirk České Budějovice).
Nach der Gründung der Tschechoslowakei siedelte er in die Slowakei über, wo er sechs verschiedene Dienstposten innehatte. Im Jahr 1932 wurde er Kommandeur des Gendarmeriebezirks in der Stadt Námestovo im Norden der Slowakei, anschließend diente er in gleicher Funktion in der Stadt Banská Bystrica in der Mittelslowakei. Nach der Gründung des Slowakischen Staates und des Protektorats Böhmen und Mähren im März 1939 übernahm er die Stellung des zweiten Offiziers und später des Kommandeurs des Gendarmeriebezirks in Uherské Hradiště in Südmähren.
Kommandant in Hodonin und Lety
Im November 1940 wurde Štěpán Blahynka in den Beamtenstatus erhoben und mit dem Titel vrchní kancelářský oficiál [Deutsch: Administrativoberoffizial] ausgestattet. Die Landesregierung in Brno [Deutsch: Brünn] ernannte ihn zum Kommandanten des Arbeitsstraflagers in Hodonín bei Kunštát; auch als am 2. August 1942 auf demselben Gelände ein „Zigeunerlager“ eröffnet wurde, blieb er in dieser Funktion tätig.
Vom 20. Januar bis zum 15. Mai 1943 fungierte Štěpán Blahynka vorübergehend auch als Kommandant des „Zigeunerlagers“ Lety bei Pisek. Er leitete dort unmittelbar Maßnahmen ein, um die grassierende Typhusepidemie zu stoppen und die Bedingungen für die Unterbringung der Häftlinge zu verbessern, damit die Deportation in das Konzentrations– und Vernichtungslager Auschwitz-Birkenau so schnell wie möglich erfolgen konnte. Nach seiner Rückkehr in das Lager Hodonin bei Kunstat sorgte Štěpán Blahynka für die Deportation nahezu aller dort inhaftierten Rom:nja und Sinti:ze nach Auschwitz-Birkenau. Er blieb bis zur Liquidierung des Lagers am 1. Dezember 1943 dessen Kommandant.
In mehreren Nachkriegszeugnissen von überlebenden Rom:nja wird Štěpán Blahynka als streng, aber gerecht charakterisiert. Positiv bewertet wird insbesondere seine Tätigkeit im Lager Lety bei Písek, wo sich während seiner Amtszeit die medizinische Versorgung und die Zuteilung von Lebensmitteln für die Häftlinge merklich verbesserten.
Nach der Liquidierung des Lagers Hodonin bei Kunstadt wurde Štěpán Blahynka Verwalter des Arbeitserziehungslagers in Mladkov (heute Bezirk Blansko), wo er bis Kriegsende tätig war.
Nach 1945
Nach Kriegsende wurde Blahynka Bezirkskommandeur des Staatssicherheitskorps [Sbor národní bezpečnosti] in Kyjov und trat 1949 in den Ruhestand. Im Gegensatz zu Josef Janovský (1880–unbekannt), dem ehemaligen Kommandanten des Lagers Lety bei Pisek, wurde Štěpán Blahynka für seine Tätigkeit in den Lagern Lety und Hodonin nie belangt. Aus seinen Aussagen in der Nachkriegszeit geht hervor, dass er seine dortige Arbeit als Mission und Dienst an der tschechischen Gesellschaft betrachtete. Er starb am 13. Januar 1956; der Ort ist nicht bekannt.
